Flygningen markerar det första kända fallet av avlägsnande från "tredje land" till södra Afrika.
Trump lovar att straffa länder som ansluter sig till gruppens hållning.
Bilden som visades för Ramaphosa under mötet i Vita huset var i själva verket från konflikten i Kongo-Kinshasa.
Under ett möte med president Ramaphosa hävdade Trump att en video visade massbegravningar av vita farmare, ett påstående som inte stöddes av filmen.
Den amerikanske presidentens möte i Ovala rummet med Sydafrikas ledare urartade snabbt till en konfrontation om högerextrema konspirationsteorier.
Utrikesminister Marco Rubio betecknar sändebudet som rashets, vilket utlöser diplomatiska spänningar.
Ren energi, läkemedel och digital expansion är ett landmärke i partnerskapet.
Afrikaanska grupper insisterar på att stanna i sitt hemland trots USA:s erbjudande om flykting.
USA:s president undertecknar en exekutiv order med hänvisning till orättvis behandling av afrikander och kritiserar lagen om expropriering av mark.